Takk, denne løste det. Jeg hadde funnet et liknende svar i et annet forum, men det må ha vært for en eldre utgave av iMovie.
Løsningen var altså:
Sørg for å ha TimeMachine backup (just in case, ingenting blir i utgangspunktet slettet)
Quit iMovie
Gå til brukermappe - filmer - iMovie-bibliotek
Høyreklikk og velg "vis innhold i pakken"
Slett fila "settings.plist" (iMovie lager en ny neste gang du åpner)
Slett en eventuell mappe kalt "Min Film." Noen med problemet har den, noen har den ikke. Jeg hadde den.
Åpne iMovie og det skal være ordnet
Takk for hjelpen, @Morse